Táto metóda je založená na využívaní živých organizmov na ničenie, alebo obmedzovanie chorôb a škodcov rastlín. V prírodnej záhrade existuje vzájomné prepojenie medzi jednotlivými prvkami. Ak v nej funguje všetko ako má, nemali by nám v záhrade premnožiť "škodcovia". Ak sa tak napr. vplyvom počasia stane, vieme ako na to.
Často sa využívajú ich prirodzení nepriatelia alebo biologicky účinné látky obsiahnuté v niektorých rastlinách. Ekologické postreky si môžete vyrobiť aj sami doma. Stačia nám často divorastúce rastliny ako žihľava, praslička, kostihoj či vratič. Z nich sa pripravujú odvary, výluhy či zákvasy.
V "boji" proti "škodcom" nám často pomôžu aj živočíšni pomocníci, ktorí sa nimi živia.